業界最安水準の手数料と書いてあるけれど、その料率は税込なのか税抜なのか。
クレジットカードと電子マネーで扱いが違うらしい、会計ソフトの税区分はどっちで登録すればいいんだろう
と思っていませんか?
エアペイの決済手数料は、決済ブランドごとに課税と非課税がきれいに分かれていて、その区分は公式サイトで全部公開されています。
クレジットカードと銀聯カード、iD、QUICPayの手数料は非課税で、公表されている3.24%がそのまま負担する率です。
交通系電子マネーと楽天Edy、COIN+、その他のQRコード決済は課税で、税抜の料率に消費税10%を足した税込率で計算します。
| 決済方法 | 消費税 | 税込の実質負担率 |
|---|---|---|
| クレジットカード・銀聯 iD・QUICPay | 非課税 | 3.24% |
| 交通系電子マネー・楽天Edy | 課税 | 3.24% |
| COIN+ | 課税 | 1.08% |
| その他QRコード決済 | 課税 | 3.24% |
勘定科目は「支払手数料」ひとつで足りて、あとは消費税区分を課税仕入10%と非課税仕入に分けるだけです。
株式会社リクルートの適格請求書発行事業者登録番号は「T5010001149426」で、振込明細のCSVには税区分と消費税額が最初から入っています。
課税分の手数料に含まれる消費税は仕入税額控除にまわせるので、月100万円の決済なら1,000円強が納める消費税から差し引ける計算になります。
- 決済ブランド別の課税・非課税と、実際に負担する税込料率
- 公表されている料率が税込か税抜かの見分け方
- 会計ソフトでの税区分の分け方と、勘定科目の選び方
- クレジットカード・交通系電子マネー・複数ブランド合算入金の仕訳例
- インボイス制度と登録番号、振込明細CSVの税区分の読み方
- 仕入税額控除で戻る金額の目安と、個人事業主の確定申告の流れ
エアペイの手数料の消費税は決済ブランドごとに課税と非課税へ分かれる

同じ決済手数料でも、消費税がかかるものとかからないものが混ざっています。
分かれ目は「お店がお金を受け取る仕組み」で、後払いのカード系は非課税、チャージした残高や決済代行を通すものは課税という並びです。
ここさえ押さえておけば、あとは会計ソフトの税区分をブランドごとに登録するだけで毎月の処理が回ります。
決済方法別の課税・非課税と税込の実質負担率から経理上の税区分までの一覧
公式サイトで公開されている料率と、消費税を足したあとの実質負担率、そして帳簿に入れる税区分を1つの表にすると次のようになります。
| 決済方法 | 公表料率 | 消費税区分 | 税込の実質負担率 | 経理上の税区分 |
|---|---|---|---|---|
| Visa/Mastercard/JCB American Express Diners Club/Discover | 3.24% ディスカウント 適用時2.48% | 非課税 | 3.24% (同2.48%) | 非課税仕入 |
| UnionPay(銀聯)カード | 3.24% | 非課税 | 3.24% | 非課税仕入 |
| iD/QUICPay | 3.24% | 非課税 | 3.24% | 非課税仕入 |
| 交通系電子マネー (Suica・PASMOなど9種) | 2.95%(税抜) | 課税 | 3.24% | 課税仕入10% |
| 楽天Edy | 2.95%(税抜) | 課税 | 3.24% | 課税仕入10% |
| COIN+ | 0.99%(税抜) | 課税 | 1.08% | 課税仕入10% |
| PayPay/d払い/au PAY 楽天ペイ/J-Coin Pay Smart Code/WeChat Pay Alipay+/銀聯QRコード | 2.95%(税抜) | 課税 | 3.24% | 課税仕入10% |
非課税のグループは、公表されている3.24%に消費税が乗りません。
課税のグループは税抜表示なので、2.95%なら3.24%、0.99%なら1.08%が実際に引かれる率になります。
COIN+以外はどのブランドでも税込3.24%にそろうので、月々いくら引かれるかの見通しは立てやすい構造です。
エアペイの公表料率が税込か税抜かの見分け方
公式サイトの料率は、税込と税抜が混ざったまま並んでいます。
これは表記のブレではなく、非課税のブランドには足すべき消費税が存在しないという理由からです。
- 非課税と書いてある料率
そのままの数字が負担率
(3.24%なら3.24%) - 税抜と書いてある料率
1.10を掛けた数字が負担率
(2.95%なら3.24%)
事業者どうしの取引は消費税の総額表示義務の対象外なので、税抜での表示自体は珍しいものではありません。
迷ったときは課税と書いてあるブランドだけ1.10を掛けると覚えておけば、計算を間違えずに済みます。
クレジットカードと銀聯・iD・QUICPayの決済手数料が非課税になる理由
クレジットカード系の手数料が非課税なのは、この手数料が「サービスの代金」ではなく「債権を売ったときの差額」だからです。
カード払いのとき、お店はお客様から現金を受け取るかわりに、代金を受け取る権利をカード会社に引き受けてもらいます。
1万円の売上なら、その権利をカード会社に渡して9,676円を受け取る形になり、差額の324円が手数料にあたります。
この差額は消費税法施行令第10条第3項第8号にあてはまり、金銭債権の譲渡に伴うものとして非課税に区分されます。
国税庁の質疑応答事例でも、加盟店が信販会社に支払うクレジット手数料は非課税という整理が示されています。
非課税で3.24%になる決済ブランド
- Visa/Mastercard/JCB/American Express/Diners Club/Discover
- UnionPay(銀聯)カード
- iD/QUICPay(後払い式の電子マネー)
iDとQUICPayが同じ扱いになるのは、カードにひもづいた後払いで、お金の流れがクレジットカードとまったく同じだからです。
非課税ということは、この324円ぶんの消費税は最初から発生していないので
仕入税額控除の対象にもならないという点だけ頭に置いておくと処理がぶれません。
ディスカウントプログラムで2.48%になったときの消費税区分
決済手数料ディスカウントプログラムが通ると、Visa・Mastercard・JCB・American Express・Diners Club・Discoverの6ブランドが2.48%になります。
このとき変わるのは料率だけで、非課税という区分はそのままです。
公式の区分はブランドの種類ごとに決まっていて、クレジットカードというグループ自体が非課税に置かれているからです。
会計ソフト側でやることは、非課税仕入のまま料率だけ2.48%に直すことだけになります。
交通系電子マネーと楽天Edyの決済手数料が課税になる理由と税込負担率
交通系電子マネーと楽天Edyは、公表の2.95%が税抜で、実際に引かれるのは税込3.24%です。
チャージ済みの残高から支払われるタイプなので、お店がカード会社に債権を渡すという形になりません。
代金を集めて届けてもらうサービスへの支払いという扱いになり、そのぶん消費税がかかります。
課税になる決済の消費税は、2019年10月1日の売上分から10%で計算されています。
税込3.24%になる前払い式の決済
- Kitaca/Suica/PASMO/TOICA/manaca
- ICOCA/SUGOCA/nimoca/はやかけん
- 楽天Edy
電子マネーというひとくくりで覚えていると、iD・QUICPayは非課税、楽天Edyは課税という食い違いでつまずきます。
後払いか前払いかで線を引くと、この2つはきれいに分かれます。
COIN+とその他のQRコード決済の税込負担率
QRコード決済も課税で、税込の負担率はCOIN+だけが飛び抜けて低くなります。
COIN+は税抜0.99%・税込1.08%、その他のQRコード決済は税抜2.95%・税込3.24%です。
| QRブランド | 税抜 | 税込 | 1万円決済の手数料 |
|---|---|---|---|
| COIN+ | 0.99% | 1.08% | 108円 |
| PayPay | 2.95% | 3.24% | 324円 |
| d払い | 2.95% | 3.24% | 324円 |
| au PAY | 2.95% | 3.24% | 324円 |
| 楽天ペイ | 2.95% | 3.24% | 324円 |
| J-Coin Pay | 2.95% | 3.24% | 324円 |
| Smart Code | 2.95% | 3.24% | 324円 |
| WeChat Pay | 2.95% | 3.24% | 324円 |
| Alipay+ | 2.95% | 3.24% | 324円 |
| UnionPay(銀聯)QRコード | 2.95% | 3.24% | 324円 |
同じ1万円の決済でも、COIN+なら108円、PayPayなら324円と、216円の差がつきます。
QRコード決済はどれも課税なので、ここで引かれた消費税は仕入税額控除にまわせる部分になります。
Apple Payやカードのタッチ決済の税区分の考え方
Apple Payやカードのタッチ決済は、それ自体が独立した決済ブランドというより、支払いの入口です。
税区分は、そこにひもづけられたクレジットカードやiD、QUICPayとしての扱いになります。
実務では入口の種類を気にする必要はなく、振込明細に並ぶ決済ブランド名で判断するのがいちばん確実です。
明細にはブランド名と税区分が書き出されるので、そこを見れば非課税と課税のどちらで入力するか迷いません。
ディスカウントプログラムには適用条件があるので、自分の店舗があてはまるかどうかは公式で見ておくと計算がずれません。
ディスカウントプログラムの適用条件をエアペイ公式サイトで確かめる
エアペイの手数料の消費税をふまえた勘定科目と仕訳と確定申告

ここからは、実際に帳簿へ落とすところの話です。
特別な科目は必要なく、勘定科目は支払手数料ひとつ、分けるのは消費税区分だけという形に落ち着きます。
エアペイの手数料の勘定科目は支払手数料で税区分を2つに分ける
決済手数料の勘定科目は「支払手数料」が基本になります。
売上に付随して発生する手数料をまとめる科目で、決済サービスの手数料もここに入れるのが一般的です。
そのうえで、同じ支払手数料を消費税区分だけ2つに割ります。
| 税区分 | 対象ブランド | 仕入税額控除 |
|---|---|---|
| 非課税仕入 | クレジットカード・銀聯 iD・QUICPay | 対象外 |
| 課税仕入10% | 交通系電子マネー・楽天Edy COIN+・QRコード決済 | 対象 |
会計ソフトなら、支払手数料の下に「決済手数料(非課税)」「決済手数料(課税)」という補助科目を作っておくと、月次の集計がそのまま消費税の申告に使えます。
この2行を最初に用意しておくだけで、毎月の作業は金額を入れるだけになります。
エアペイの手数料の計算方法と仕入税額控除にまわせる金額
手数料の計算式は「決済ブランドごとの売上合計 × 手数料率」で、小数点以下は切り捨てです。
取引1件ごとではなくブランドごとの合計に率を掛けるので、月末にまとめて計算しても数字は合います。
掛ける率は、非課税ブランドは3.24%、課税ブランドは税込の3.24%か1.08%です。
月100万円を決済した場合の内訳例
| 決済方法 | 売上 | 税込率 | 手数料 | うち消費税 |
|---|---|---|---|---|
| クレジットカード | 60万円 | 3.24% | 19,440円 | なし(非課税) |
| 交通系電子マネー | 10万円 | 3.24% | 3,240円 | 294円 |
| QRコード決済 | 30万円 | 3.24% | 9,720円 | 883円 |
| 合計 | 100万円 | — | 32,400円 | 1,177円 |
この例だと、手数料32,400円のうち
1,177円が仕入税額控除にまわせる消費税になります。
本則課税で申告している事業者なら、この1,177円ぶんだけ納める消費税が減る計算です。
1年に直せば14,000円ほどになるので、課税と非課税をまとめて処理してしまうと、そのまま取りこぼす金額になります。
課税分の消費税は「税込の手数料 × 10 ÷ 110」で出せて、端数は切り捨てで計算します。
クレジットカード売上から非課税の手数料が引かれたときの仕訳
売上を計上したときと、手数料が引かれて入金されたときの2回に分けて記帳します。
クレジットカードで1万円の売上、手数料3.24%で324円が引かれた場合はこうなります。
- 【売上時】(借)売掛金 10,000 /(貸)売上高 10,000
- 【入金時】(借)普通預金 9,676・支払手数料 324(非課税仕入)/(貸)売掛金 10,000
非課税なので、324円は消費税を含まない金額としてそのまま費用に入ります。
仮払消費税を切り出す必要はなく、税抜経理でも税込経理でも同じ形です。
交通系電子マネー売上から課税の手数料が引かれたときの仕訳
課税のブランドは、税込経理か税抜経理かで書き方が変わります。
交通系電子マネーで1万円の売上、税込3.24%で324円が引かれた場合を並べます。
- 【売上時】(借)売掛金 10,000 /(貸)売上高 10,000
- 【入金時・税込経理】(借)普通預金 9,676・支払手数料 324(課税仕入10%)/(貸)売掛金 10,000
- 【入金時・税抜経理】(借)普通預金 9,676・支払手数料 295・仮払消費税等 29 /(貸)売掛金 10,000
税抜経理では、324円を本体295円と消費税29円に分けて入力します。
324円に10を掛けて110で割ると29.45円になり、端数を切り捨てて29円という並びです。
税込経理でも税区分さえ課税仕入10%にしておけば、ソフトが申告時に消費税分を拾ってくれます。
複数の決済方法がまとめて入金されたときの仕訳
実際の振込は、カードも交通系もQRもひとまとめの金額で届きます。
ここで全部を同じ税区分にしてしまうのが、いちばん起きやすいずれです。
1日の売上が10万円で、3ブランドに分かれていた場合
| 決済方法 | 売上 | 税込率 | 手数料 | 税区分 |
|---|---|---|---|---|
| クレジットカード | 50,000円 | 3.24% | 1,620円 | 非課税仕入 |
| 交通系電子マネー | 20,000円 | 3.24% | 648円 | 課税仕入10% |
| COIN+ | 30,000円 | 1.08% | 324円 | 課税仕入10% |
| 合計 | 100,000円 | — | 2,592円 | — |
入金されるのは、10万円から2,592円を引いた97,408円です。
- 【売上時】(借)売掛金 100,000 /(貸)売上高 100,000
- 【入金時】(借)普通預金 97,408・支払手数料 1,620(非課税仕入)・支払手数料 885(課税仕入10%)・仮払消費税等 87 /(貸)売掛金 100,000
課税分の手数料972円を、本体885円と消費税87円に分けたうえで、非課税の1,620円とは別行にしています。
税込経理なら、支払手数料1,620円(非課税仕入)と支払手数料972円(課税仕入10%)の2行だけで済みます。
ブランドごとの内訳は振込明細のCSVに1件ずつ並んでいるので、そこから拾えば手計算は不要です。

売上値引として処理する場合の考え方
手数料を費用に立てず、売上から直接引く「売上値引」で処理するやり方もあります。
ただ、この形にすると帳簿の上で手数料がいくらかかったのかが見えなくなります。
手数料は決済ブランドの構成しだいで毎月変わる費用なので、金額を追いかけられる支払手数料のほうが後々ラクです。
雑費でも記帳自体はできますが、毎月続けて発生する費用なので、独立した科目にしておくほうが決算書も読みやすくなります。
エアペイの手数料とインボイス制度で使う振込明細CSVの税区分
エアペイは2023年10月1日からインボイス制度に対応済みです。
運営元の株式会社リクルートは適格請求書発行事業者として登録されていて、番号も公開されています。
- 事業者名:株式会社リクルート
- 適格請求書発行事業者登録番号:T5010001149426
- 対応開始:2023年10月1日
- 適格請求書になるもの:振込明細のCSV「全項目(インボイス/適格請求書)」
ありがたいのは、このCSVに税区分と消費税額が最初から入っていることです。
どの列を帳簿のどこに使うかを並べると、こうなります。
| CSVの項目 | 中身 | 帳簿での使い道 |
|---|---|---|
| 税区分 | 課税か非課税かの別 | 仕訳の消費税区分を決める |
| 売上手数料(課税10%対象) | 交通系・楽天Edy・QRの手数料 | 支払手数料(課税仕入10%) |
| うち消費税額 | 上の行に含まれる消費税 | 税抜経理の仮払消費税等 |
| 売上手数料(非課税) | カード・銀聯・iD・QUICPayの手数料 | 支払手数料(非課税仕入) |
| 振込金額・振込確定金額 | 実際に入金される金額 | 普通預金 |
| 取引年月日・決済ブランド | 取引の内訳 | 売掛金との突き合わせ |
課税分と非課税分が別の列に分かれているので、自分で電卓を叩いて割り戻す作業がいりません。
画面のスクリーンショットは適格請求書の要件を満たさないので、保存するのはCSVのほうです。
仕入税額控除で見ておく項目と簡易課税・免税事業者の扱い
本則課税で申告している事業者は、課税分の手数料に含まれる消費税を仕入税額控除にまわせます。
そのために見ておくのは3つだけです。
- CSVに登録番号T5010001149426が入っているか
- 「売上手数料(課税10%対象)」と「うち消費税額」の数字が帳簿と合っているか
- CSVそのものを電子データのまま保存しているか
簡易課税を選んでいる場合は、売上のほうから納税額を計算する仕組みなので、手数料の課税と非課税を細かく分ける必要はありません。
免税事業者も消費税の申告自体がないので、税込の手数料をそのまま経費に入れれば処理は終わります。
どちらの場合も、CSVは取引の記録として残しておくと後から見返せます。
個人事業主がエアペイの手数料を確定申告で経費にする流れ
個人事業主の場合、決済手数料は事業の必要経費として全額落とせます。
青色申告決算書でも白色の収支内訳書でも、経費欄の支払手数料に年間の合計を書けば大丈夫です。
1年の流れ
- 毎月、振込明細のCSVを取り出して保存する
- 売上と入金を記帳し、手数料を税区分ごとに2行で入力する
- 年末に支払手数料を集計して決算書の経費欄へ転記する
- 課税事業者なら課税分の消費税額をもとに消費税の申告書も作る
売上はお客様が決済した日で計上し、入金の日には差額を支払手数料に振り替えるのが基本の形です。
電子データで受け取った明細は電子帳簿保存法の対象になるため、印刷ではなくデータのまま残しておくと安心です。
税区分と金額をそろえるための3つの見直し
処理がずれるところは、だいたい決まっています。
- 全部を同じ税区分で入力している
まとめて課税にすると控除できない消費税まで拾ってしまい、まとめて非課税にすると本来引ける分を落とすことになる - 税抜の2.95%で費用を計上している
実際に引かれるのは税込3.24%なので、入金額との差が毎月残ってしまう - 電子マネーをひとくくりにしている
iD・QUICPayは非課税、交通系電子マネーと楽天Edyは課税で、同じ電子マネーでも区分が分かれる
もうひとつ、古い記事や以前の明細で見かける「キャッシュレス・消費者還元事業 手数料補助金」と「手数料値引金額」があります。
この2つは2023年9月以前の明細に出てくる項目なので、いまの「全項目(インボイス/適格請求書)」のCSVを探しても見当たらなくて正解です。
現在の処理で見るのは、税区分と課税・非課税それぞれの売上手数料、そして消費税額の3つで足ります。

エアペイの手数料の消費税に関するよくある質問
振込手数料に消費税はかかりますか
エアペイの振込手数料は、どの銀行口座を指定しても0円です。
金額が発生しないため、記帳の対象にもなりません。
ゆうちょ銀行だけは振込口座に指定できない点だけ覚えておくと手続きがスムーズです。
決済手数料をお客様に負担してもらうことはできますか
カード払いのお客様だけ手数料を上乗せする形は、加盟店規約で認められていません。
手数料はお店側のコストとして支払手数料に計上し、価格設定のなかで吸収していくのが基本の考え方になります。
振込明細のCSVは何年保存しておけばよいですか
電子データで受け取った取引情報は、電子帳簿保存法にもとづいて保存が必要になります。
帳簿書類の保存期間は法人と個人、青色と白色で異なるため、自分の区分に合わせた年数で残してください。データは印刷ではなくCSVのまま、年度ごとにフォルダを分けておくと探しやすくなります。
決済手数料に含まれる消費税の端数はどう扱いますか
手数料そのものは「ブランド別の売上合計×手数料率」で計算され、小数点以下は切り捨てになります。
そのうえで税抜経理をする場合は、税込の手数料に10を掛けて110で割った額が消費税相当額です。
振込明細のCSVには「うち消費税額」が入っているので、そちらの数字に合わせておくと帳簿と明細が一致します。
課税と非課税を分けずにまとめて記帳してしまった場合はどうなりますか
本則課税で申告している場合、まとめて非課税にすると引けるはずの消費税を落とし、まとめて課税にすると引けない分まで含めてしまいます。
気づいた時点で、振込明細のCSVにある課税・非課税それぞれの売上手数料の列をもとに入力し直せば整います。
申告済みの年度にまたがる場合は、修正の要否を税理士さんに相談しておくと確実です。
まとめ:エアペイの手数料の消費税はブランド別の課税・非課税と支払手数料の2行で片づく
エアペイの決済手数料は決済ブランドごとに課税と非課税が決まっていて、勘定科目は支払手数料のまま税区分を2つに分けるだけで処理が終わります。
- クレジットカード・銀聯・iD・QUICPayは非課税で、3.24%がそのまま負担率
- 交通系電子マネー・楽天Edy・COIN+・QRコード決済は課税で、税込3.24%または1.08%
- 勘定科目は支払手数料、税区分は課税仕入10%と非課税仕入の2本立て
- 登録番号T5010001149426つきの振込明細CSVが適格請求書になる
- 課税分の消費税は仕入税額控除にまわせて、月100万円の決済なら1,177円が目安
課税と非課税の一覧さえ手元にあれば、あとは会計ソフトに2行の入れ物を作るだけで毎月の経理は回ります。
月額固定費も振込手数料もかからないので、処理する項目そのものが少なくて済むのも助かるところです。
